Je rozlohou nevelké krasové území vázané na souvrství krystalických vápenců chýnovsko -ledečského pruhu tzv. pestré skupiny hornin geologické oblasti moldanubika. Leží na jihozápadním okraji Českomoravské vrchoviny v Pacovské pahorkatině poblíž města Chýnova. Vápence jsou zde společně s amfibolity uloženy v okolních dvojslídných pararulách a celé pásmo je rozděleno do několika menších bloků. Tak lze mimo Chýnovskou jeskyni pozorovat krasové jevy též v okolí obce Věžná, v údolí Josafat, a zejména u Velmovic.
Leží v jižním úbočí Pacovy hory (589 m n. m) poblíž Dolních Hořic, 2 km severovýchodně od města Chýnova.|
|