První  písemné zmínky o Orlíku pocházejí z let 1230-1251,z doby vlády Václava I., kdy je v archivních zprávách zmiňováno clo na Vltavě u Orlíka, který byl v té době jen dřevěným hrádkem, postaveným na strmé skále jako orlí hnízdo /odtud nejspíše název/, další zprávy z let 1287-88 dokazují, že Orlík patřil ke královským državám Václava II. /správcem země byl tehdy za nezletilého panovníka Záviš z Falknštejna/ - jako půrkrabí na Orlíku je v v té době uváděn Zdislav ze Šternberka.

Na rozhraní  13. a 14. století prošel Orlík přestavbou na kamenný gotický hrad, který sloužil jako opěrný bod a správní centrum královské moci. V rukou českých králů zůstal Orlík až do roku 1357, kdy jej dle dochované listiny Karel IV. udělil v ušlechtilé manství svému kancléři Dětřichu z Portic /s podmínkou vydržovat na hradě královskou posádku/. Tento dar byl zřejmě uznáním za nemalé osobní zásluhy Dětřicha o císařskou korunovaci Karla IV. v Římě. Dětřich z Portic však vzápětí postoupil Orlík svému synovci, který byl královským půrkrabím na pražském Vyšehradě -prameny však neuvádějí, proč se Dětřich Orlíka tak záhy zbavil.

Roku 1369 věnoval Karel IV. Orlík dalšímu ze svých dvořanů, a to Hyncíku Pluhovi z Rabštejna, který v roce 1395 vyměnil Orlík s mimořádně  podnikavým Zikmundem Hulerem za jeho majetky na Chebsku. Huler, ač měšťanského původu, patřil k největším oblíbencům Karlova nástupce krále Václava IV.,který jej pověřil úřadem podkomořího a člena královské rady. U Hulera na Orlíku Václav IV. velmi rád pobýval, rád zde lovil a vyřizoval zde-byť s krajní nechutí /to ovšem nejen na Orlíku/ i některé panovnické povinnosti. Roku 1405 byl Zikmund Huler obviněn z padělání zápisů v zemských deskách a když nebyl schopen prokázat svou nevinnu, /aniž král učinil jakékoli kroky pro jeho záchranu/ byl následně téhož roku na staroměstské radnici potupně sťat.

O dva roky později, roku 1407, prodal Zikmundův bratr Ondřej Orlík Petru Zmrzlíkovi ze Svojšína.Rovněž nový majitel Orlíka patřil k nejvýšším zemským úředníkům - byl nejvyšším mincmistrem království. V okruhu krále patřil Petr Zmrzlík k straníkům Jana Husa. Také jemu a jeho manželce Anně poslal Hus z Kostnice v červnu 1415 své poslední pozdravy. Rovněž Petrovi synové Václav a Jan patřili k husitům - jejich hostem na Orlíku býval i Jan Žižka, který odtud v roce 1422 odeslal list Domažlickým. V roce 1457 nastoupil dědictví Jaroslav Zmrzlík, podporující Jiřího z Poděbrad za jeho bojů s panskou a katolickou Zelenohorskou jednotou. Orlík se tak dostal do přední bojové linie, neboť nedaleký Zvíkov byl v držení Rožmberků /příslušníků Zelenohorské jednoty/, takže časté boje se odehrávaly i mezi oběma těmito hrady. Poslední Zmrzlík Václav se poté, co Orlík v roce 1508 podlehl zničujícímu požáru, odstěhoval na Lnáře, a v roce 1514 prodal Orlické panství Kryštofovi ze Švamberka, který byl již tehdy i majitelem Zvíkova. Orlík se tak stal sídlem hospodářské správy panství orlicko-zvíkovského. Z tohoto důvodu byl i Orlík v letech 1514-20 důkladně opraven, mimo jiné i zvýšen o patro. Po smrti Petra Voka /1611/ se stali orličtí Švamberkové dědici rozsáhlého rožmberského majetku a tím i jedním z nejbohatších rodů v zemi. Jan Jiří Švamberk přesídlil do Třeboně a na Orlíku zůstala jen panská správa /tak tomu bylo až do roku 1802, kdy se Orlík stal sídlem schwarzenbergské sekundogenitury.

Posledním z rodu Švamberků byl Petr, který stejně jako jeho otec patřil k předním osobnostem protestantské strany před vypuknutím českého stavovského povstání. To předurčilo Petra k tomu, aby se po Druhé pražské defenestraci 23.5. 1618  stal jedním ze 30 stavovských direktorů země. Po vítězství na Bílé hoře /1620/ nad českými odbojnými stavy přikročil císař Ferdinand ihned k dobývání hradů odbojných pánů - Orlík se vzdal vojskům generálů Baltazara Marradase a Dominika Huerty v roce 1621 - načež byl dokonale vyloupen a zplundrován. Mezitím byl Petr ze Švamberka i s potomky potrestán konfiskací veškerého majetku - smrti na staroměstském popravišti unikl Petr Švamberk jen díky tomu, že dokázal včas civilně zemřít/1620/.

Zbytky zařízení  Orlíka odvezl jeho nový majitel Adam ze Šternberka na hrad Bechyni. Po smrti Šternberka v roce 1623 kupuje Orlík od císaře Jan Oldřich z Eggenberka a to za celkem 159.360 kop grošů. V témže roce se stal Eggenberk říšským knížetem a v roce 1628 vévodou krumlovským.  Manželkou posledního bezdětného Eggenberka Jana Kristiana /1717+/ byla Marie Ernestina Schwarzenbergová /+1719/, která odkázala eggenberský majetek svému synovci Adamu Františku Schwarzenbergovi – touto cestou se stalo i orlické panství majetkem Schwarzenbergů.

Převratné  změny však Orlíku přinesl rok 1802, kdy se stal sídlem sekundogenitury. Od této doby dochází k přeměně Orlíka v panské sídlo, doprovázené nejen stavebními pracemi - prvořadě zvýšením zámku o jedno patro, ale i náročnými úpravami interierů, včetně jejich postupného zařizování novým nábytkem, obrazy, plastikami, vzácným porcelánem, sklem, kameninou a sbírkou historických zbraní. Byť tyto práce byly přerušeny požárem hned v roce 1802, úspěšně vrcholily při novogotické úpravě samotné budovy, prováděné dle plánů profesora pražské Akademie Bernarda Grubera v letech 1840 až 1860.